Bon Iver vycházejí z indie folku, ale postupně do své hudby začlenili prvky art‑popu, elektroniky, jazzu i experimentálního rocku. Typické jsou jemné vokály Justina Vernona, často vrstvené a zkreslené efekty či auto‑tunem, a neobvyklé aranže s dechovými nástroji, syntezátory a samply. Hudba kapely bývá velmi atmosférická, melancholická a zároveň zvukově odvážná.