Přesný počet skladeb Collegium Musicum se liší podle toho, zda počítáme různé verze, živé nahrávky a speciální projekty, ale jde o několik desítek kompozic. Mnohé z nich jsou rozsáhlé, vícedílné suity s výraznými instrumentálními pasážemi, takže kapela má relativně méně „písniček“ v klasickém slova smyslu. Do diskografie patří jak původní autorské skladby, tak rockové úpravy děl Bacha, Haydna či dalších klasiků.