The Prodigy kombinují elektroniku s rockovou energií a jejich styl se často označuje jako big beat, rave, breakbeat nebo industrial dance. Typické jsou tvrdé breakové beaty, masivní basy, zkreslené samply a agresivní vokály. V průběhu let do své hudby přimíchali i prvky punku, metalu a alternativního rocku, což jim pomohlo oslovit jak fanoušky taneční hudby, tak rockové publikum.